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藏羚（Pantholops hodgsonii）是世居青藏高原的典型反芻動(dòng)物,，平均分布海拔3250-5500m,，屬鯨偶蹄目（Cetartiodactyla），?？疲˙ovidae）,，藏羚屬（Pantholops），是藏羚屬唯一物種,。19世紀(jì)中期至20世紀(jì)初,，猖獗的非法盜獵使藏羚的種群數(shù)量下降了約90%，2000年被世界自然保護(hù)聯(lián)盟（IUCN）紅色瀕危物種名錄評(píng)估為瀕危物種,。經(jīng)過30多年的保護(hù),，藏羚的種群數(shù)量恢復(fù)到了20多萬只，IUCN對(duì)其評(píng)級(jí)也從瀕危降為近危,。藏羚不僅是世界上分布海拔最高的反芻動(dòng)物之一,，也是青藏高原唯一具有長(zhǎng)距離遷徙行為的物種，是研究高海拔適應(yīng)性機(jī)制和遷徙行為的良好模型,。然而迄今為止,，公開數(shù)據(jù)庫(kù)中仍缺少藏羚高質(zhì)量的染色體水平基因組，嚴(yán)重限制了基于遺傳特征解析其物種適應(yīng),、進(jìn)化及種群生態(tài)相關(guān)工作的開展,。
我校高原動(dòng)物環(huán)境適應(yīng)與進(jìn)化研究團(tuán)隊(duì)與中國(guó)科學(xué)院西北高原生物研究所動(dòng)物生態(tài)與資源保護(hù)研究團(tuán)隊(duì)合作，基于PacBio HiFi三代基因組測(cè)序,、Hi-C測(cè)序和DNBSEQ-T7二代基因組survey測(cè)序三種測(cè)序技術(shù),，成功組裝了藏羚染色體級(jí)別的基因組。結(jié)果顯示,，藏羚基因組大小為3.1 Gb,，Contig N50為84.6 Mb,，所有基因掛載到30條染色體上（29 + X）,，與之前的核型研究一致。數(shù)據(jù)評(píng)估顯示,，藏羚基因組BUSCO得分為98.2%（S：92.3%,，D：5.9%，F(xiàn)：0.8%,，M：1.0%）,，平均QV值為70.14，表明組裝的連續(xù)性好，完整度和準(zhǔn)確性高,?；贓DTA和RepeatModeler從頭預(yù)測(cè)的藏羚基因組中重復(fù)序列注釋結(jié)果表明，藏羚基因組重復(fù)序列主要由SINEs,、LINEs,、LTRs 和DNA transposons四種類型組成，序列總長(zhǎng)度為1.65 Gb,，占基因組的52.47%,；基于蛋白同源預(yù)測(cè)、蛋白從頭預(yù)測(cè)和深度學(xué)習(xí)等多種策略,，在藏羚基因組上共注釋到28,330個(gè)功能基因,。
該研究通過多種技術(shù)手段，首次獲得了藏羚染色體水平的高質(zhì)量基因組和注釋信息,，為藏羚的適應(yīng)進(jìn)化遺傳機(jī)制,、保護(hù)遺傳學(xué)研究及進(jìn)一步探索物種遷徙行為的遺傳機(jī)制提供了重要的基因組資源。相關(guān)研究結(jié)果以A high-quality chromosome-level reference genome assemblyof Tibetan antelope （Pantholops hodgsonii）為題于11月12日在Nature旗下綜合性科學(xué)期刊Scientific Data（中科院二區(qū)）在線發(fā)表,。
供稿：科研院
【編輯：鄒林有 責(zé)任編輯：金萍】